Bộ phim hành động, kinh dị, viễn tưởng Thuỷ Quái Rừng Gỗ Mun 2 xoay quanh hành trình trở lại thị trấn Thượng Thuỷ, để tìm kiếm người em trai đã mất tích, của nữ bác sĩ pháp y Thanh Linh. Khi tới nơi, cô nhận thấy nhiều điều bất thường như xác quái vật bên đoạn đường ruồi nhặng bu kín, người dân đang tổ chức các lễ nghi dị dạng để thờ cúng khỉ nước, cô có cảm giác ai đó đang theo dõi mình. Đáng sợ nhất là nơi cô từng sinh sống, nhìn bên ngoài không khác gì ngôi nhà gỗ thông thường, nhưng vào bên trong mọi vật dụng khác hoàn toàn. Các bức tường tiếp giáp với bị dây leo chằng chịt. Nhìn kỹ thì ra là một ngôi nhà dựng ở trên cây, sự mệnh chung tất và ẩm ướt bao trùm. Thực ra còn có một căn phòng bí mật, phía sau nó là rừng cây và các vật phẩm cúng tế được đặt ở đó. Những điều kỳ lạ liên tục xảy ra, với sự xuất hiện của Thanh Linh, mọi người ở thành phố Thượng Thuỷ đều chạm mặt nguy hiểm, cô đi khắp nơi để tìm kiếm tăm hơi của em trai mình, nhưng càng tìm kiếm thì càng phát xuất hiện nhiều điều đáng ngờ ở thành phố này.
Tuy nhiên, vấn đề lớn nhất đó chính là sự xuất hiện của những người kì lạ giúp đỡ Thanh Linh, người bán thịt đã đưa cho anh trai của Thanh Linh một chiếc máy ảnh, nhưng anh ta không muốn vợ chồng bị giết mổ trong bể cá vào hôm sau. Người vợ câm của chủ địa chỉ nói với anh trai của Thanh Linh rằng thi hài của họ được tìm thấy trong rừng. tất cả những người có quan hệ với Thanh Linh đều bị sát hại. chuẩn y những cuộc thăm hỏi và dò la liên tục, Thanh Linh chung cuộc đã tìm ra sự thật và chi phí trí óc của mình để xóa bỏ hủ tục mê tín bằng nền tiến bộ khoa học, dùng sự thật thức tỉnh người dân thị trấn, chống lại thần thế xấu xa, chính là kẻ sát nhân đứng đằng sau tất cả mọi việc.